İspanyol polisi, önce yerel saatle sabah 08.00'de Barselona'nın Sants istasyonunda ardından da saat 10.00 sıralarında Madrid'in Atocha istasyonunda bomba alarmı vererek istasyonları tahliye etti. Panik yaratan ve tren seferlerini bir süreliğine aksatan alarmın yanlış olduğu anlaşıldı. İspanya resmi haber ajansı EFE'nin polis kaynaklarına dayandırdığı habere göre alarm, Barselona'nın Sants istasyonundan Madrid'in Atocha istasyonuna giden bir kadının bavulunda bomba olabileceği şüphesiyle verildi. Barselona'daki güvenlik görevlilerinin alarm vermede gecikmesi nedeniyle ismi açıklanmayan kadının Madrid'e giden trene bindiği tespit edildi. Madrid'deki Atocha istasyonuna varmadan önce durdurulan trende yapılan arama sonucunda bavulda patlayıcı değil, el bombasına benzeyen bir kemer tokasının bulunduğu anlaşıldı. Bunun üzerine alarm durumu kaldırılırken, kadının neden güvenlik kontrolünde durdurulmadığı araştırılmaya başlandı.